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中國高等航海教育發(fā)軔于上海，1909年晚清郵傳部上海高等實業(yè)學堂（南洋公學）船政科開創(chuàng)了我國高等航海教育的先河。1912年成立吳淞商船學校，1933年更名為吳淞商船?？茖W校。1959年交通部在滬組建上海海運學院。2004年經(jīng)教育部批準更名為上海海事大學。為更好地服務(wù)上海國際航運中心建設(shè)和國家航運事業(yè)發(fā)展，根據(jù)上海市高校布局結(jié)構(gòu)調(diào)整規(guī)劃，2008年上海海事大學主體搬遷臨港新城。2009年學校舉行百年校慶系列活動。
上海海事大學是一所以航運、物流、海洋為特色，具有工學、管理學、經(jīng)濟學、法學、文學、理學和藝術(shù)學等學科門類的多科性大學。2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽訂協(xié)議，共建上海海事大學。
學校設(shè)有2個博士后科研流動站（交通運輸工程、電氣工程），2個一級學科博士點（交通運輸工程、管理科學工程），19個二級學科博士點，13個一級學科碩士學位授權(quán)點，59個二級學科碩士學位授權(quán)點，6個專業(yè)學位碩士授權(quán)點，46個本科專業(yè)，10個專科（高職）專業(yè)。擁有11個省部級重點研究基地。現(xiàn)有1個國家重點（培育）學科，5個國家級特色專業(yè)，1個上海市高峰學科，2個上海市高原學科，9個部市級重點學科，17個上海市本科教育高地。設(shè)有水上訓(xùn)練中心，擁有萬噸級集裝箱教學實習船“育鋒”輪，4.8萬噸散貨教學實習船“育明”輪。
